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本研究科の大学院生 池上大輔さん(青木教授,尾形准教授のグループ)の論文が国際誌「Plant Methods」に掲載されました。

寄生植物と寄主植物の境界面組織において、RNA-Seqリードをバイオインフォマティクス的手法で選別することで,二つの植物種のトランスクリプトームを一挙に解析

要旨

寄生植物ネナシカズラは,他の植物の茎に巻き付き寄生根を挿入して寄主植物と維管束を接続し水や養分を摂取します。寄生植物と寄主植物間における組織接続形成には,両植物の遺伝子機能の協調が必要だと考えられています。しかし,二つの植物の境界組織は物理的に分離することが困難なため,寄生植物と寄主植物におけるトランスクリプトームの同時解析はこれまで行われていませんでした。  そこで私たちは共にゲノム情報の無い寄生植物ネナシカズラと寄主植物ホウセンカの境界組織においても,混合組織から取得した RNA-Seq リードをいずれかの植物に帰属し二種植物のトランスクリプトームを同時に解析することが可能な手法を開発しました。さらにこの方法を寄生植物ネナシカズラと寄主植物ダイズの系に適用して,寄生段階ごとの遺伝子発現を解析しました。この解析から,これまで知られていなかった寄生植物と寄主植物間の機能的相関が明らかになってきました。

発表者

Daisuke Ikeue*, Christian Schudoma, Wenna Zhang, Yoshiyuki Ogata*, Tomoaki Sakamoto, Tetsuya Kurata, Takeshi Furuhashi, Friedrich Kragler, and Koh Aoki* (*本研究科所属者)

著書又は発表論文の情報

A bioinformatics approach to distinguish plant parasite and host transcriptomes in interface tissue by classifying RNA-Seq reads. Plant Methods, doi:10.1186/s13007-015-0066-6